Στις 31 Ιουλίου του 2013 η Ζάκυνθος κατάφερε κάτι το μοναδικό για το νησί, καθώς εξασφάλισε την άνοδο της στο τότε πρωτάθλημα της Football League. Ήταν η πρώτη ιστορική άνοδος για τον σύλλογο στις επαγγελματικές κατηγορίες. Με τις τότε σημαντικές προσπάθειες του ισχυρού άνδρα της ομάδας Στέλιου Γούναρη επετεύχθη κάτι το μοναδικό.
Ο σύλλογος μέσω αναδιάρθρωσης μπήκε ουσιαστικά από το παράθυρο στη Β’ Εθνική που έμεινε για τρία συνεχόμενα χρόνια, πριν υποβιβαστεί το 2016 και μετά από τεράστιο δικαστικό αγώνα που είχε ξεσπάσει με τον Πανελευσινιακό.
Η Ζάκυνθος τη χρονιά μας πέρασε 2021-22 επανέλαβε το κατόρθωμα της για μια χρονιά αλλά ουσιαστικά η άδικη απόφαση να μην έχει μεταγραφές παρόλο που τελικά της έγινε η πρόσκληση να παίξει στη Superleague 2 στοίχσε και τελικώς υποβιβάστηκε στο φινάλε της χρονιάς παρά τις εξαιρετικές εμφανίσεις του δεύτερου γύρου.
Σπουδάια ονόματα πέρασαν από τη Ζάκυνθο και άλλα φόρεσαν τη φανέλα της ομάδας όπως ο Ζαουάντ Ζαϊρί τη σεζόν 2015-16 και άλλοι που έγραψαν ιστορία για τους “κυανοκίτρινους”.
Η σελίδα βέβαια για τη Ζάκυνθο έκλεισε πριν από λίγο καιρό με την πρώην διοίκηση και κυρίως τον Στέλιο Γούναρη να αποχωρεί από την ηγεσία και ένα νέο Δ.Σ. θα ξεκινήσει την προσπάθεια του στη Γ’ Εθνική της νέας χρονιάς..