Τον κίνδυνο να μείνουν χωρίς χρηματοδότηση αντιμετωπίζουν κάποια από τα αεροδρόμια της χώρας αλλά και οι άγονες γραμμές εν όψει της κατάργησης του «Σπατόσημου» και της παραχώρησης των περιφερειακών αερολιμένων σε ιδιώτες.
Η ΥΠΑ εισηγείται στο υπουργείο Υποδομών να θεσπιστεί τέλος τουλάχιστον 3 ευρώ ανά επιβάτη, το οποίο υπό συντηρητικές εκτιμήσεις, θα μπορούσε να καλύψει τις συγκεκριμένες ανάγκες.
Αντίθετα, σύμφωνα με δημοσιευματα, το Ταμείο Αξιοποίησης Ιδιωτικής Περιουσίας του Δημοσίου (ΤΑΙΠΕΔ), έχει προβλέψει στο σχέδιο της παραχώρησης των αεροδρομίων τέλος 1 ευρώ ανά επιβάτη.
Μετά την ιδιωτικοποίηση, η ΥΠΑ θα γίνει ρυθμιστική αρχή και θα πρέπει να αναλάβει, μέσω της Ανώνυμης Εταιρείας Διαχείρισης Περιφερειακών Αεροδρομίων, την διαχείριση των περιφερειακών αεροδρομίων που δεν θα παραχωρηθούν, καθώς και τις άγονες γραμμές.
Αυτή η νέα κρατική εταιρία θα χρηματοδοτείται από την επιβολή τελών στους χρήστες των αεροδρομίων και από μέρος των εσόδων της ΥΠΑ, όμως οι κρίσιμες λεπτομέρειες καθοριστούν με κοινή απόφαση των υπουργών Οικονομικών και Υποδομών.
Είναι πάντως χαρακτηριστικό ότι με βάση τα έσοδα από το Σπατόσημο (12 ευρώ εντός ΕΕ, και 22 ευρώ εκτός ΕΕ), η χρηματοδότηση των αεροπορικών υπηρεσιών των άγονων γραμμών από την ΥΠΑ ανήλθε το 2012 σε 55 εκατ. ευρώ.